Для участия в фестивале приглашаются российские и зарубежные «особые театры» с участием детей и молодёжи старше 14 лет с любой формой и степенью инвалидности. Театральные коллективы представляют на фестиваль один спектакль в любом театральном жанре: драматическом, оперном, пластическом, кукольном, цирковом и проч. Заявкой на участие в Четвертом Всероссийском фестивале «Протеатр» считается присланная в адрес оргкомитета до 25 декабря 2009 года полная видеоверсия спектакля и заполненная анкета участника фестиваля.
Для размещения информации о театре в «Сборник реестр особых театров России» необходимо также выслать две фотографии хорошего качества, дающие наиболее полное представление о деятельности театра. Фотографии могут быть на цифровом носителе, тогда они должны удовлетворять следующим требованиям: размер — 10 на 15 см, разрешение — 300 dpi, формат — TIFF или JPG с низким уровнем сжатия. Убедительно просим по электронной почте фотографии не отправлять, поскольку их объем слишком велик. Можно просто выслать две отпечатанные фотографии высокого качества.
Фестиваль является смотром и проводится в два этапа. На первом этапе производится отбор 10 спектаклей по их видеоверсиям. Вторым этапом является фестивальная неделя «Протеатр» — показ отобранных спектаклей на театральных площадках. Коллективу, чей спектакль был отобран для показа на фестивальной неделе, может быть присвоено звание лауреата или дипломанта Всероссийского Фестиваля особых театров «Протеатр». Коллектив также может получить специальное приглашение жюри. Жюри фестиваля состоит из авторитетных и признанных лиц в области культуры, искусства, театра, культурологии, психологии, педагогики и др. и выбирается оргкомитетом на время проведения отборочного этапа фестиваля.